Le 15 février 1480, un contrat de construction d’un orgue est signé entre les chanoines de la collégiale Saint-Barthélemy et le facteur d’orgues Jan II van Elen (Maastricht). On ne sait rien d’autre au sujet de cet instrument. En revanche, on sait que le plus ancien buffet d’orgue de Wallonie (vers 1550, de style Renaissance, attribué à Claude Wangnon), aujourd’hui conservé à Quenast (Brabant wallon), provient de Saint-Barthélemy d’où il fut récupéré par le facteur d’orgues Joseph Merklin lorsque ce dernier plaça un nouvel orgue. C’est en effet en 1843 que l’état jugé irrécupérable de l’ancien orgue pousse la fabrique d’église de Saint-Barthélemy à opter pour la construction d’un nouvel orgue. Des projets sont présentés parBernhard Dreymann (Mayence), Arnold Clerinx (Saint-Trond) et Joseph Merklin (Bruxelles). Après plusieurs années d’hésitation, un contrat est signé en 1847 avec Merklin pour la construction d’un orgue de 30 jeux, répartis sur deux claviers et pédale. Pour Saint-Barthélemy, ce facteur d’origine allemande envisage « un instrument qui pourra se comparer avec les premiers instruments de l’époque, non seulement par la puissance, l’harmonie et les jeux, la diversité de leur caractère, mais aussi par le fini, le perfectionnement du mécanisme ». En cours de chantier, Merklin propose de nombreuses modifications et adjonctions, ce qui explique que l’orgue finalement livré comporte un troisième clavier d’Écho expressif, une machine pneumatique et des appels d’anches. L’instrument est inauguré le 7 janvier 1852 par Pierre Petit, organiste à Neufchâtel.
En 1887, 35 ans plus tard, l’instrument fait l’objet d’une reconstruction par Pierre Schyven (Bruxelles), premier apprenti puis contremaître de Merklin. Il livre une nouvelle console, remplace la mécanique, la soufflerie et la machine pneumatique. Hors contrat, il renouvelle aussi le sommier de l’Écho expressif pour en faire un Récit expressif de tessiture complète, et y ajoute une Voix céleste 8. Des travaux mineurs sont réalisés, en 1928, par Émile II Kerkhoff et, en 1934, par Maurice Delmotte de Tournai (restauration et réhamonisation).
En 1976, la restauration radicale du narthex entraîne la destruction de la tribune d’orgue. Au préalable, les facteurs Marc Leuridan et Vincent Hustinx procèdent à l’enregistrement, au démontage et à l’inventaire complet de l’instrument, qui restera en caisses pendant près de 30 ans. Dans le courant des années 1990, le bon avancement des travaux de restauration de la collégiale pousse le bureau d’architecture Hautecler-Dumont (Liège) à confier à Luc De Vos la rédaction d’un cahier technique des charges de restauration de l’orgue. En 1999, les travaux sont confiés à la Manufacture d’Orgues Schumacher (Eupen), chargée de les exécuter sous la surveillance de Luc De Vos, remplacé dès 2006 par l’expert hollandais Koos van de Linde. Les travaux vont finalement s’étaler sur 12 ans : de 2003 à 2005 (restauration/reconstitution de divers éléments, début du remontage de l’instrument sur une nouvelle tribune suspendue dans la première travée de la nef principale), de 2006 à 2012 (interruption provoquée par la découverte d’éléments nouveaux entraînant une adaptation du cahier des charges), en 2013-2014 (fin des travaux). L’option choisie est celle de la restauration de l’orgue livré par Schyven, avec toutefois quelques adaptations : remontage du Récit expressif parallèlement à la façade (et non perpendiculairement comme à l’origine), élargissement de la boîte expressive, réorganisation des postages de ce plan sonore, option stylistique générale pour les orgues du milieu du XIXe siècle, remplacement de la Voix céleste 8 du Récit par un Cor de chamois 8 destiné à renforcer les jeux de fonds, placement de la Voix céleste 8 au Positif, reconstitution du Nasard 2 2/3 du clavier de Grand-Orgue, construction d’un Bourdon 8 neuf pour combler une chape demeurée libre en Pédale, obligation de poster les basses de Bombarde 16 et de Trompette 8 de Pédale sur des moteurs pneumatiques (en raison d’un défaut d’alimentation constaté sur les sommiers d’origine), choix d’un diapason de 442 Hz imposant une intervention minimale sur la tuyauterie (l’allongement de certains tuyaux), peinture du buffet en camaïeu de gris visant à intégrer au mieux l’instrument dans son nouvel écrin. L’orgue est inauguré le dimanche 19 octobre 2014 par Anne Froidebise, professeur d’orgue au Conservatoire Royal de Liège, dans le cadre du Festival d’Orgue de Liège.

(source : Guido Schumacher et Monique Dehin, « La restauration du grand orgue Merklin de l’ancienne collégiale Saint-Barthélemy à Liège », dansFestival d’Orgue de Liège 2014. Inauguration du grand orgue de la collégiale Saint-Barthélemy, Liège, 2014, p. 26-28).