Jusqu’à la fin du XVIIIe siècle, Liège fut la capitale d’une principauté ecclésiastique gouvernée par un prince-évêque. Lorsqu’éclate la Révolution française, les Liégeois s’en prennent au principal symbole du pouvoir de l’Église : la cathédrale Saint-Lambert, dont il ne reste plus aujourd’hui que les vestiges visibles sous la place du même nom (accès par l’Archéoforum). En 1803, après les troubles révolutionnaires, l’ancienne collégiale Saint-Paul est promue au rang de cathédrale. En 1805, Arnold Graindorge y installe, sous la tour, l’ancien orgue monumental (39 jeux, IV-P en tirasse) conçu par Jean-Baptiste Le Picard (1741) pour la collégiale Saint-Pierre, elle aussi détruite à la Révolution. En 1895, cet instrument quittera la cathédrale pour rejoindre l’église Saint-François de Sales, avant d’être transféré à la collégiale Saint-Martin, vers 1990, où il attend toujours sa restauration.
Au cours du XIXe siècle, la cathédrale Saint-Paul est agrandie et meublée dans le style néo-gothique. C’est dans ce contexte que Merklin-Schütze livre, en 1870, un nouvel orgue destiné à prendre place dans une chambre aménagée entre le croisillon Sud du transept et la nef latérale Sud. La composition affiche 30 jeux (III-P), mais l’instrument est construit avec 7 jeux d’emprunt, ce qui porte le nombre de jeux réels à 23. Il s’agit donc davantage d’un orgue de chœur que d’un grand orgue (à cette époque, l’orgue Le Picard trône toujours au fond de la cathédrale). Le son du Grand-Orgue, du Positif et de la Pédale est diffusé essentiellement par le remplage donnant dans la nef latérale Sud, par-dessus la console renversée. Celui du Récit expressif est diffusé dans le croisillon Sud du transept au travers d’un buffet néo-gothique orné de tuyaux postiches. Une machine Barker tire le Grand-Orgue et les accouplements, tandis qu’une seconde agit sur le Positif. En 1922, Émile II Kerkhoff (Bruxelles) place un ventilateur électrique. Vers 1950, Joseph et Oscar Reygaert (Grammont) effectuent divers travaux. Ensuite, l’instrument est démonté puis remonté par Victor Van de Loo (Louvain), pendant la restauration de la cathédrale. En 1974, Jos. Loncke (Esen) procède à une recomposition de la Fourniture du Grand-Orgue. En 1986, la Manufacture d’Orgues Thomas (Francorchamps) procède à un grand relevage. La machine Barker du Positif et les gosiers des réservoirs primaires ont été récemment remis en peau.
Dans le cadre de la restauration prochaine de la cathédrale, deux projets sont actuellement à l’étude : la restauration à l’identique de l’orgue Merklin-Schütze, maintenu en tant qu’orgue de chœur, et la construction, au fond de la cathédrale, d’un grand orgue d’une soixantaine de jeux réutilisant comme point de départ la tuyauterie de l’instrument élevé en 1909 par Jules Geurts (Berchem-lez-Anvers) sur la tribune occidentale (19 jeux, II-P).