Les buffets datent de 1600 et 1602 (millésimes au centre du grand buffet et sous le positif de dos). L’auteur originel de l’orgue est inconnu, mais il pourrait s’agir de Florent Ier Hocquet ou de Bernard Spiering. Ce fut probablement un orgue à deux claviers sur base de 12 pieds. En 1669, l’orgue est complètement reconstruit par André Séverin, qui aura le privilège d’être inhumé sous son orgue (pierre tombale enchâssée dans le mur Ouest du massif occidental). En 1854, Arnold Clerinx reconstruit entièrement l’orgue (44 jeux, III-P). Le fond du grand buffet est supprimé et le Récit expressif placé à l’arrière. En 1888, l’instrument est à nouveau transformé par Charles Anneessens. Un nouveau projet de restauration est lancé en 1962, mais est rapidement interrompu. C’est finalement en 1993 qu’est décidée la construction d’un nouvel orgue de style Renaissance inspiré des buffets existants et de l’orgue Sweelinck de la Oude Kerk d’Amsterdam. Koos Van de Linde et Pierre Thimus élaborent un projet dont la réalisation est confiée à la Manufacture d’Orgues Schumacher (Baelen). Les dimensions du buffet et le choix de construire pour tous les claviers manuels des sommiers doubles (selon le modèle de la Nicolaikerk à Utrecht) permettent la construction d’un orgue de trois claviers et 35 jeux. Hauptwerk et Oberwerk ont une tessiture de do1-ré5 avec octave courte, alors que le Rückpositiv a une tessiture de fa1, sol1, la1-ré5. Seuls Rückpositiv et Oberwerk peuvent être accouplés. Les tailles des jeux à bouche se fondent sur la tuyauterie existante de Hendrik et Nicolas Niehoff, Jan Van Covelens, Cornelis Territz et Pieter de Swart. Les trompettes suivent le modèle d’Albert Kiespenning à Wijk. Le jeu de Zink suit le modèle anonyme d’Appingedam, la Régale celui de Medenblik, et la Vox humana l’exemple Duyschot’s à la Sint-Pieterskerk de Leiden (1687).